Die Verbindung von Medizin und Musik reicht in die Frühzeit der Menschheit zurück. Alle Kulturen haben die Heilkraft der Musik und ihren Einfluss auf Körper und Psyche erkannt.
Philosophen und Mathematiker, später Psychologinnen und Psychiaterinnen versuchten, Theorie und Praxis mit den intellektuellen und wissenschaftlichen Begriffen ihrer Zeit zu erfassen.

Bereits die alten asiatischen Kulturen haben in Form von magisch mythischen Ritualen die Heilkraft der Musik zu nutzen gewusst.

In der klassischen Antike diente Musik zur Wiederherstellung geistig-seelischer Harmonie und psycho-physischer Proportionen. Kranke Menschen befanden sich in einer Unordnung, die harmonisiert werden musste. Neben diesen einigenden und ordnenden Effekten sollte die Musik gleichzeitig die Seele erziehen. 

Im Mittelalter stellte die Musik einen wichtigen Bestandteil innerhalb der medizinischen Behandlung dar. Bis 1550 gehörte die Musik zum Fächerkanon eines Medizinstudiums. 

In Renaissance und Barock beschäftigten sich die Wissenschaftler mit den Zusammenhängen von Musik mit menschlichen Affekten, vor allem der Melancholie. Durch harmonisierende Schwingungen der Musik wurden die "körpereigenen Säfte in ihrer Konsistenz normalisiert". Körperliche-, Geistes- und Gemütskrankheiten konnten mit der Arztmusik geheilt werden. 

Im 19.Jahrhundert verlor die Musik den Bezug zum klassischen medizinischen Bereich der körperlichen Erkrankungen und fand ihren neuen, psychologisch ausgerichteten Schwerpunkt in der Behandlung von psychischen Erkrankungen. Musiktherapie verschwand aus dem Sichtfeld der Ärzte, nur in psychiatrischen Kliniken war sie vereinzelt anzutreffen. 

Musiktherapie hat nachweislich eine 3000 Jahre alte Tradition. Über die Jahrtausende hinweg haben sich drei grundsätzlich voneinander unterscheidbare Erklärungen für die Wirkung von Musik entwickelt: Musik als magisch mythisches Werkzeug, Musik als Abbild kosmischer Ordnung und Musik als Medikament. Diese unterschiedlichen Interpretationen beeinflussen auch heutige Musiktherapeutinnen in unterschiedlichem Mass. 

Die moderne Geschichte der Musiktherapie beginnt in der Zwischenkriegszeit, zum Zeitpunkt, in welchem wissenschaftliche Ansätze in den Humanwissenschaften neue Perspektiven in der Anwendung von Kunst und Kreativität in der psychiatrischen Behandlung eröffneten. Die heutigen Formen der Musiktherapie gliedern sich in das Feld moderner Heilberufe und Therapieformen ein. Literatur, Forschung und Ausbildung sowie Praxisfelder, Stellen und Wirkungsorte haben in den letzten 30 Jahren markante Fortschritte erfahren. Im Zusammenhang mit dem 8.Weltkongress für Musiktherapie 1996 in Hamburg wurde der Musiktherapie von der Weltgesundheitsorganisation  WHO der Status eines psychologischen Gesundheitsberufes zuerkannt. 

Vorläufer und Pioniere in der Schweiz waren u.a. Emile Jacques Dalcroze (1865-1950), der Begründer der Rhythmik. Indem er die starren Schemata konventioneller Musikpädagogik durchbrach, öffnete er auch Türen für die spätere Musiktherapie. Edgar Willems (1890-1978) erforschte die Beziehungen zwischen Mensch und Musik mit all ihren psychologischen, physischen und spirituellen Auswirkungen. Im "Forum für Musiktherapie", welches seit 1971 in der Lenk im Berner Oberland stattfand, traf sich alljährlich ein Kreis von Pionierinnen aus dem In- und Ausland. Die damaligen Schweizer Teilnehmerinnen regten die Entfaltung der Musiktherapie in der Schweiz an und gründeten 1981 schliesslich den Schweizerischen Fachverband für Musiktherapie SFMT. 

Gelehrt wird Musiktherapie heute in circa dreissig Ländern an Universitäten, Fachhochschulen, Konservatorien und entsprechenden privaten Ausbildungsinstituten.

  Ausland