Les buts fondamentaux de la musicothérapie sont l’activation des ressources et des parties saines de la personne, le soutien de la croissance et du développement, ainsi que le maintien et l’amélioration de la qualité de vie. La musicothérapie atteint ces buts sur la base d’une relation thérapeutique, avec l’aide de la musique et des divers éléments musicaux.

Les buts d’un traitement musicothérapeutique peuvent concerner les plans psychologique, émotionnel, corporel, spirituel ou social.

Par exemple, les objectifs suivants sont souvent mentionnés lors de l’indication d’un traitement musicothérapeutique:
 
ressentir et exprimer ses émotions
stimuler la créativité et l’imagination
amener à la détente et au calme ou, à l’opposé, à l’activité et l’animation
vivre et organiser un comportement relationnel et une manière d’entrer en contact
diminuer les douleurs et apprendre à gérer ces états de douleur

La musicothérapie est surtout d’une grande utilité là où la parole est peu ou n’est pas accessible, par exemple dans les déficits intellectuels précoces, l’autisme, les états de coma ou avec des personnes en fin de vie.

Les objectifs du traitement de musicothérapie sont élaborés dans la mesure du possible par une discussion entre le client et le/la musicothérapeute et/ou avec ses mandataires (médecins, institution, parents, etc)