On trouve une variété de méthodes se rapportant aux différentes orientations musicothérapeutiques : psychologie des profondeurs, thérapie comportementaliste, théorie systémique, anthroposophie, psychologie humaniste, approche holistique. Toutes ces méthodes ont en commun d’utiliser des éléments musicaux dans un but thérapeutique spécifique, à partir d’un diagnostic détaillé.

La musicothérapie se déroule aussi bien en séance individuelle que de groupe, et dans les deux cas, on peut utiliser la musicothérapie active ou la musicothérapie réceptive.

En musicothérapie active, le client et le/la musicothérapeute jouent le plus souvent ensemble sur différents instruments. La multiplicité de ceux-ci (peaux, percussion, xylophones, gongs, instruments à cordes, à vent, claviers, voix, etc.), invite à faire des explorations ludiques et originales. Il n’est pas nécessaire d’avoir des connaissances musicales préalables, et les aptitudes techniques n’ont pas d’importance. Dans cet espace de jeu et d’expérimentation, le client est amené à mettre en sons des états intérieurs, des situations vécues ou des sentiments, et les rendre perceptibles pour lui-même et pour l’autre. La musicothérapeute est dans la plupart des cas un partenaire de jeu actif, mais aussi un vis-à-vis qui accompagne ce qui est vécu dans le moment présent en soutenant, renforçant, ou confrontant. Le jeu actif aide aussi à l’établissement du diagnostic et des indications cliniques, et est, par ailleurs, une part importante du processus thérapeutique.
 
En musicothérapie réceptive, le client et le musicothérapeute écoutent ensemble de la musique. Au cours de l’écoute peuvent se réveiller des sentiments, des sensations corporelles, des souvenirs, qui seront ensuite repris verbalement ou musicalement.
Dans d’autres situations de musicothérapie réceptive, la musicothérapeute joue ou chante pour le patient. Pour improviser de manière adéquate selon la personne ou la situation, on observe et tient compte des signes comme la respiration, les mimiques ou les mouvements du corps. Cette forme de mise en résonance permet au patient d’être (à nouveau) en lien avec lui-même, avec le musicothérapeute et avec le monde environnant.

L’échange verbal sur ce qui a été vécu pendant les séquences musicales, s’il est possible, joue un rôle important, aussi bien en musicothérapie active qu’en musicothérapie réceptive. Mettre des mots sur le vécu de la séquence musicale favorise le passage d’un niveau de communication non-verbal à un niveau verbal et aide ainsi à utiliser les bénéfices de l’expérience musicale dans la vie quotidienne.

La musicothérapie utilise les différents effets et propriétés de la musique pour atteindre ses objectifs:
Le rythme structure le temps, organise les événements, permet de se repérer (avant-maintenant-après), d’anticiper, de s’ancrer. Il se fait sentir dans le corps, où tout est rythme (battement du cœur, circulation sanguine, respiration, péristaltisme, etc.) en écho de la nature (alternance jour/nuit, saisons, etc.). Il active le mouvement.

La mélodie occupe l’espace, du grave à l’aigu, donne une direction et permet de s’orienter (ici-ailleurs). Elle touche directement les affects, emplit l’espace intérieur, canalise l’activité mentale. Elle active les sentiments et permet de les exprimer, suscite des souvenirs ou ramène des images intérieures au premier plan.

L’harmonie fait coexister les sons, elle joue avec la concordance et la dissonance. Elle fait vivre l’expérience d’être ensemble, en accord ou en désaccord. Elle donne un sentiment d’alliance et d’appartenance à une communauté.

La musique atteint l’être humain dans sa globalité, sur les plans corporels, émotionnels, relationnels et spirituels. Elle réveille l’intérêt au monde, favorise la créativité profonde, et permet de prolonger ou remplacer la parole.

On joint parfois à la musique des moyens expressifs supplémentaires (danse, peinture, par exemple) pour atteindre les objectifs désirés.

Selon les références théoriques et la problématique du patient, on distingue souvent quatre catégories principales d’interventions en musicothérapie:

- intervention centrée sur l’exercice, l’application d’une consigne.
- intervention centrée sur l’expérience directe, l’immédiateté du vécu.
- intervention centrée sur le conflit intérieur, le refoulement.
- intervention centrée sur l’expérience musicale.

Les tâches spécifiques de la musicothérapeute sont:

- le travail en équipe pluridisciplinaire pour l’établissement d’un diagnostic et des indications thérapeutiques,
- la responsabilité de la planification et de l’accomplissement du traitement de musicothérapie individuel ou de groupe,
- la documentation, l’évaluation et la recherche scientifique,
- l’accompagnement des proches.